Im Datensatz "COVID-19-Hospitalisierungen in Deutschland" des Robert Koch-Instituts werden täglich aktualisierte Informationen zu Hospitalisierungen im Zusammenhang mit COVID-19 basierend auf den Meldungen nach dem Infektionsschutzgesetz (IfSG) bereitgestellt. Neben tagesaktuellen Fallzahlen und Inzidenzen auf Bundes- und Länderebene enthält der...

Im Datensatz "SARS-CoV-2-Sequenzdaten aus Deutschland" umfasst vollständige Virusgenomsequenzen sowie zugehörige Metadaten aus bundesweit erhobenen Proben. Die Proben werden in Zusammenarbeit vom IMSSC2-Labornetzwerk, dem Nationalen Referenzzentrum für Coronaviren an der Charité sowie dem RKI sequenziert und bioinformatisch analysiert. Der Daten...

Bacterial surveillance pipeline.

Im Datensatz "SARS-CoV-2 Infektionen in Deutschland" des Robert Koch-Instituts werden die Daten basierend auf Meldungen zu SARS-CoV-2 Infektionen nach dem Infektionsschutzgesetz (IfSG) bereitgestellt. Darin enthalten sind Informationen auf Landkreisebene zu bestätigten Infektionen, Todesfällen und Genesungen, differenziert nach Altersgruppen und...

Im Datensatz "Abwassersurveillance AMELAG" des Robert Koch-Instituts und Umweltbundesamts werden Daten aus der Überwachung von Infektionserregern im Abwasser bereitgestellt. Die Daten zur SARS-CoV-2-Viruslast werden seit Februar 2022 in einem bundesweiten Netzwerk von Kläranlagen, Laboren und Behörden erhoben. Seitdem wurden die Daten um die Vir...

Im Datensatz "GrippeWeb - Daten des Wochenberichts" des Robert Koch-Instituts werden wöchentliche, bevölkerungsbasierte Schätzungen zur Inzidenz akuter respiratorischer Erkrankungen (ARE) und grippeähnlicher Erkrankungen (ILI) in Deutschland bereitgestellt. GrippeWeb als Online-Portal zur partizipativen syndromischen Surveillance nutzt Selbstaus...

Im Datensatz "7-Tage-Inzidenz der COVID-19-Fälle in Deutschland" des Robert Koch-Instituts werden die täglich aktualisierten COVID-19-Inzidenzen auf Bundes-, Landes- und Landkreisebene basierend auf den Meldungen nach dem Infektionsschutzgesetz (IfSG) bereitgestellt. Die 7-Tage-Inzidenz wird definiert als Anzahl gemeldeter Fälle der letzten sieb...

Im Datensatz "COVID-19-Todesfälle in Deutschland" des Robert Koch-Instituts werden täglich aktualisierte Informationen zu COVID-19-bedingten Todesfällen in Deutschland bereitgestellt. Die Datenerhebung erfolgt im Rahmen des Infektionsschutzgesetzes (IfSG). Der Datensatz umfasst aggregierte Todesfallzahlen nach Berichtsdatum, Altersgruppen und Bu...

Package for nowcasting the number of cases of an infectious disease when test results are lagged

Improving the resolution of metagenomic analysis using WEPP

[WORKING DRAFT] Curated list of awesome spatial epidemiology data exchange concepts, data reference and tooling

Repository listing all the measles resources and tools developed by ForeSITE

A comprehensive web platform for dengue surveillance and prevention, community engagement, and proactive response management in Quezon City with AI-powered prescriptive analytics and intervention capabilities.

Epidemiological analysis computing WHO age-standardised COPD mortality rates for the US and Uganda (2019) using UN population data.

Im Rahmen der Mental Health Surveillance (MHS) am Robert Koch-Institut (RKI) werden für eine Auswahl an Indikatoren der psychischen Gesundheit von Erwachsenen basierend auf Surveydaten Zeitreihen bestehend aus gleitenden Drei-Monats-Schätzern und Glättungskurven berechnet. Dadurch sollen Entwicklungen in der psychischen Gesundheit der erwachsene...

What fraction of Gorilla respiratory illness stems from Human contact? Epidemiological spillover pipeline at the Human-Gorilla interface: temporal linkage, logistic regression risk modeling & conservation health policy validation. Python · SciPy

Package for the nowcast tibble class to integrate into the `diseasenowcasting` ecosystem

Im Datensatz "Laborbestätigte Influenzafälle in Deutschland" des Robert Koch-Instituts werden die Daten basierend auf Meldungen zu Infektionen mit dem Influenzavirus nach dem Infektionsschutzgesetz (IfSG) bereitgestellt. Darin enthalten sind Informationen auf Bundeslandebene zu Infektionen nach Falldefinition des Robert Koch-Instituts, differenz...

This repository contains the code for the manuscript Ensemble-labeling of infectious diseases time series to evaluate early warning systems with which you can reproduce the manuscript's results and figures.

This project provides an automated data pipeline for extracting, transforming, and analysing health data from a DHIS2 instance. It includes querying various health indicators at the facility level, enriching data with organisational details (districts and provinces), exporting results to structured CSV and loading to PostgreSQL.